পিলখানায় বিডিআর সদর দপ্তরে ঘটে যাওয়া সেনা হত্যাযজ্ঞের তদন্ত প্রতিবেদনে ক্ষমতাচ্যুত প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ভাতিজা ব্যারিস্টার শেখ ফজলে নূর তাপসের নাম সবচেয়ে বেশি উল্লেখ হয়েছে। উচ্চক্ষমতাসম্পন্ন স্বাধীন তদন্ত কমিশন তাপসের সংশ্লিষ্টতার পূর্ণাঙ্গ চিত্র উন্মোচন করেছে। পাশাপাশি, হত্যাকাণ্ডের সময় শেখ হাসিনার সাথে সংশ্লিষ্টতার বিষয়টিও তদন্তে উঠে এসেছে। জানা গেছে, ওই সময়ে হাসিনাকে রক্ষার জন্য বিমানঘাঁটি এবং কমান্ডো প্লাটুন প্রস্তুত রাখা হয়েছিল ভারতের পক্ষ থেকে।

২০০৯ সালের ২৫ ও ২৬ ফেব্রুয়ারি সীমান্তরক্ষী বাহিনী বিডিআরের (বর্তমানে বর্ডার গার্ড বাংলাদেশ—বিজিবি) সদর দপ্তরে ঘটে যাওয়া নৃশংস হত্যাকাণ্ডের ঘটনা নিয়ে জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন প্রায় ১১ মাস তদন্ত চালিয়ে তার প্রতিবেদন সরকারের কাছে জমা দিয়েছে।

প্রতিবেদনে উল্লেখ করা হয়েছে, ১৬ মার্চ ২০০৯-এ India Today-তে প্রকাশিত ‘More than a Mutiny’ নামক এক প্রবন্ধে সৌরভ শুকলা লেখেন, ২৮ ফেব্রুয়ারি ২০০৯-এ ভারত শেখ হাসিনাকে উদ্ধার করার জন্য প্রস্তুতি শুরু করে। ত্রিপুরায় একটি সম্মুখবর্তী বিমানবাহিনী ঘাঁটিতে দুটি এবং কলকাতায় একটি কমান্ডো প্লাটুন, সে জন্য প্রস্তুত রাখা হয়। (সূত্র : সংযোজনী : ৫৭)

কমিশনের প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, পিলখানা হত্যাকাণ্ডের আগে ভারতীয় পক্ষের সঙ্গে বৈঠকের পর পুরো পরিকল্পনা চূড়ান্ত করা হয় এবং সমন্বয়ের জন্য তাপসের অফিস ও বাসায় একাধিক বৈঠক হয়। তাপসের অফিসে এ রকম এক বৈঠকে বসেই ভারতীয় গোয়েন্দাদের নিয়ে পিলখানা হত্যাযজ্ঞের পরিকল্পনা চূড়ান্ত করা হয়। ভারতীয় কমান্ডো ও বিভিন্ন গোয়েন্দা সংস্থার ২৪ জন পিলখানা হত্যাকাণ্ডে সরাসরি যুক্ত ছিলেন বলে সাক্ষ্যপ্রমাণের ভিত্তিতে তদন্ত কমিশন তাদের রিপোর্টে উল্লেখ করেছে।

ভারতে পলাতক থাকা শেখ হাসিনা, ব্যারিস্টার শেখ ফজলে নূর তাপসের ফুপু। এছাড়া, শেখ পরিবারের আরেক প্রভাবশালী সদস্য শেখ সেলিমও এই হত্যাকাণ্ডের পরিকল্পনায় যুক্ত ছিলেন বলে তদন্ত কমিশন তাদের সাক্ষ্যপ্রমাণে নিশ্চিত করেছে। 당시 স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজও এই পরিকল্পনার বিষয়ে অবগত ছিলেন।

২০০৮ সালের ডিসেম্বরে ভারতের সহযোগিতায় ওয়ান-ইলেভেন সরকারের মাধ্যমে ক্ষমতায় আসেন শেখ হাসিনা। এরপর পরিকল্পিতভাবে মাত্র দুই মাসের মধ্যে দেশপ্রেমিক সেনা অফিসারদের পর্যায়ক্রমে বিডিআরে পদায়ন করা হয়। এর আগেই রৌমারী, বড়াইবাড়ী ও পদুয়া সীমান্তে বিডিআরের হাতে ভারতীয় বিএসএফ সদস্যদের হত্যা করা হয়, যার প্রতিশোধ নেওয়ার উদ্দেশ্য ছিল। তদন্ত কমিশনের মতে, সেনাবাহিনীর মনোবল ভেঙে দিয়ে বাংলাদেশে ভারতীয় আধিপত্য বিস্তার করার জন্য এই সুপরিকল্পিত হত্যাকাণ্ড সংঘটিত হয়েছিল।